多系统萎缩（MSA）病因不清。在脑干、脊髓、小脑、下橄榄核等处都发现α-突触核蛋白表达，提示在本病发病中起重要作用。

1.原发性少突胶质细胞病变假说

即先出现以α-突触核蛋白（α-synuclein）阳性包涵体为特征的少突胶质细胞变性，导致神经元髓鞘变性脱失，激活小胶质细胞，诱发氧化应激，进而导致神经元变性死亡。

少突胶质细胞胞质内包涵体是MSA的组织学特点，少突胶质细胞在发病机制中起重要作用。过去多认为在MSA病理改变中，神经元变性、脱失是原发性的，是病理改变的基础，而脱髓鞘是继发性的。自发现少突胶质细胞胞质内包涵体以来，有些作者对MSA的发病机制提出了新的观点，认为少突胶质细胞在发病过程中起着与神经元变性同样重要的作用，理由是银染和免疫组化显示少突胶质细胞的细胞内异常改变比神经元本身的改变更明显，更具特征。

少突胶质细胞的主要功能就是维护有髓纤维髓鞘的完整性，当少突胶质细胞内结构异常时，其功能必然受到影响，这可能是导致髓鞘脱失的重要原因。

2.神经元本身α-突触核蛋白异常聚集，造成神经元变性死亡。

神经系统存在两种类型的神经元死亡：坏死和凋亡（apoptosis）。发生凋亡时细胞膜保持着完整性，仅表现为细胞体积变小，细胞器结构和形态均存在，溶酶体成分保存，核染色质浓缩，内源性DNA内切酶激活，使DNA降解产生DNA片段和凋亡小体。

3.酶代谢异常

Harding（1982）提出可能是变性的神经元对某些尚未证实的代谢缺陷有选择性的敏感。多组研究发现患者白细胞的谷氨酸脱氢酶活性降低，尸检材料也有类似表现，谷氨酸对神经细胞有毒性作用。还有认为与病毒的慢感染有关。

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