先天性肾上腺皮质增生症的病因尚不明确。多数学者不同意ACTH依赖性到非依赖性过渡的发病机理。已证实AIMAH可由ACTH以外的因素引起，目前已发现抑胃肽（GIP）、精氨酸加压素（AVP）、β2-肾上腺素受体在肾上腺异常表达可引起AIMAH。先天性肾上腺皮质增生症是由几种常染色体隐性遗传引起。症状包括阴蒂或阴茎增大，多毛症，脂溢性皮炎，声音低沉，身高增长加速但骨骺早闭，最终导致身材矮小，肌肉强壮，暂时的秃发。
先天性肾上腺皮质增生症是由于慢性ACTH升高引起的组织学变化和由于缺乏皮质醇产物引起的全身性改变。
ACTH升高由低水平的皮质醇引起，而皮质醇的减少是由于缺乏或缺少从胆固醇合成皮质醇的五种必需的酶中的一种。每一种酶的阻滞引起特征性的某种肾上腺激素前体的缺乏和积聚。在常见的先天性肾上腺增生（CAH）类型中，阻滞酶的附近有代谢前体积聚并且经旁路代谢成肾上腺雄激素。当有酶阻滞（例如21-羟化酶缺乏）引起雄激素的积聚时形成先天性肾上腺增生性男性化，导致受累女性胎儿不同程度的男性化。如果受阻滞的酶减少雄性激素的合成，则引起男性化不足，导致受累男性胎儿的男性化不足。
几种常染色体隐性遗传型疾病可引起CAH。由于受累婴儿的外生殖器难以区分性别，因此男性化不足的男婴和超男性化的女婴通过体格检查难以区别，只是为初步的诊断提供一些线索。典型的表现是一种阴茎样的结构，比阴蒂长而大但比阴茎小，在这个阴茎的底部有单个的泌尿生殖窦开口，阴唇和阴囊褶有不同程度的不完全的融合。基础的17-羟基孕酮水平>8ng/ml可以确诊是由21-羟化酶引起的CAH。为区分引起CAH的不同原因需要ACTH刺激试验。在静脉注射250μg人工合成的ACTH前，以及注射后30分钟，分别测定肾上腺激素前体的水平，不同前体的升高和它们之间的比例有助于诊断每一种酶的缺陷。
少数几种酶缺陷（如晚发性21-或11-β-羟化酶缺乏），直到儿童后期，青春期，成年期才表现出明显的男性化。症状包括阴蒂或阴茎增大，多毛症，脂溢性皮炎，声音低沉，身高增长加速但骨骺早闭（长骨上的生长板）最终导致身材矮小，肌肉强壮，暂时的秃发，闭经和成人月经过少。
21-羟化酶缺乏 90%的CAH由这种酶缺乏引起。发病率从1/10000~1/15000活产婴儿。有孕酮；17-羟孕酮；脱氢表雄酮（DHEA），一种较弱的使受累女婴男性化的雄性激素；以及雄烯二酮等产物增加，同时伴随血浆皮质醇和醛固酮的水平低下或缺乏。这些前体的尿中代谢产物（17-酮类固醇和孕三醇）高于正常。醛固酮分泌减少导致盐的丢失出现低钠高钾，血浆肾素活性因此而升高。在酶部分缺乏时，不表现出醛固酮缺乏，患者的钠，钾仍然正常。这有更大的可能性与单一类型的HLA有关。孕期诊断和治疗是无效的。携带状态（杂合子）也可在儿童期和成人期诊断。
治疗21-羟化酶缺乏是用糖皮质激素替代（羟化可的松，醋酸可的松或强的松），必要时用盐皮质激素替代以达到钠，钾的动态平衡。羟化可的松（每天15~25mg/m2 ，分3次剂量）或强的松（每天3~4mg/m2 ，分2次剂量）的口服剂量调整到保持肾上腺雄性激素的前体在相应年龄的范围内。静脉注射醋酸可的松每3天18~36mg/m3 也可用于口服治疗无效的婴儿。治疗的目的是使血浆雄烯二酮，17-羟孕酮和血浆肾素活性保持正常，并且使尿中的代谢产物（17-酮类固醇和孕三醇）也保持正常。如果有盐丢失可口服氟氢可的松（0。1mg/d）。婴儿常常需要口服盐补充。治疗期间需要严密的观察。糖皮质激素治疗过度可导致医源性库欣征，表现为儿童期肥胖，生长异常，骨龄延迟。糖皮质激素治疗不足则导致抑制ACTH失败，结果雄性激素过高，表现为儿童期雄性化和超速生长，最后由于早熟而停止生长，最终身材矮小。必须保持治疗的依从性，严密监测生长并且每年读骨龄。受累女婴需要手术重建，缩小阴蒂并建立阴道开口。通常进一步的手术在成人后进行，在适当的照料下，注重性心理的问题，可以期待有正常的性生活和生育。
11β-羟化酶缺乏 3%~5%的CAH由这种酶缺乏引起。特征性的类固醇表现是11-脱氧皮质酮（和尿中17-羟基皮质类固醇）升高。由于羟基皮质类固醇的盐皮质激素的活性，患者表现出盐潴留和高钾性高血压。血浆肾素活性低。可发生男性化。治疗用皮质醇替代，还必须有盐皮质激素的替代。
3β-羟基类固醇脱氢酶缺乏 这种很少见的异常导致DHEA的积聚，并在腺体外组织中，外周转变为睾丸雄性激素。必要时，治疗也是用糖皮质激素和盐皮质激素。
胆固醇-碳链酶缺乏和17-α羟化酶缺乏 这些异常导致受累女婴男性化和受累男婴男性化不足。
皮质类固醇18-甲基氧化酶II型缺乏 表现为典型的醛固酮缺乏：慢性高血钾和低血浆醛固酮。没有性分化异常存在。
