通常认为，胎儿器官形成阶段即妊娠前12周的胎儿，对核磁共振期间的噪音和热量很敏感，有一定影响。胎儿在7个月前各个器官的发育在核磁共振下的显像对比度非常不好，因此，28周以前做核磁共振的效果没有超声检查好，也就是说，28周前超声检查更能清楚地观察胎儿。28周后，胎儿各个器官都能在核磁共振下很好的显像，同时胎儿头部骨头钙化后超声不能清楚观察胎儿头部的病变，此时核磁共振是最好的检查胎儿头部的方法。所以，检查核磁共振时间的选择非常重要。

核磁共振对身体没有伤害，因为核磁共振的原理是扫描通过磁场，所以它没有辐射。核磁共振不同于CT，CT是有辐射的。目前，核磁共振也可以用于检查胎儿，这对胎儿没有影响。如果金属样植入物被放置在患者体内，则不允许进行磁共振的，这样回对身体造成不必要的损伤。因为磁共振成像检查将导致金属样植入物在体内移位。

孕妇做核磁共振不会影响胎儿智力，虽然核磁共振检查应用历史较短，其远期影响尚无报道。但截至目前，科学研究尚未证实核磁共振检查会影响胎儿智力发育，孕期最好不要做核磁的，孕期最好注意休息，加强饮食营养等，同时建议注意休息，定期产检等。