卵巢功能障碍导致不排卵的常见疾病为卵巢早衰。出生时卵巢大约有100万~200万个始基卵泡，而在青春期大约有40万个卵泡。每个排卵周期均会消耗一批卵泡。卵巢早衰是指卵巢内的卵泡已消耗完，不可能再用促排卵药物使卵泡发育。俗话说“巧妇难为无米之炊”，如果没有米，水再加热也不能做成米饭。这一类的排卵障碍要想生育只能借别人的卵子作试管婴儿才可能达到怀孕。
多囊卵巢综合征也是一种常见的排卵障碍。其病因比较复杂，除了不排卵导致闭经或月经不调外，还可能出现多毛、肥胖、痤疮等体征。其卵巢的特点为多个小卵泡但却不能发育成熟，因此需要用药物来促卵泡发育。由于多囊卵巢综合征的特殊病理机制，一些患者应用各种促排卵药物效果不好，可考虑作试管婴儿。单纯多囊卵巢综合征并不是作试管婴儿的指征，哈尔滨武警专家指出，采用中药三期疗法进行促排卵治疗，也可拥有一个健康的宝宝。
垂体问题导致排卵障碍的常见疾病有高泌乳素血症、垂体泌乳素瘤和希罕氏综合征等。如果激素测定显示泌乳素增高，首先要弄清有无垂体泌乳素瘤，如果因垂体瘤引起闭经泌乳，则应根据瘤体大小决定是否手术或药物治疗，如未发现垂体瘤，则需药物治疗。溴隐停是目前治疗高泌乳素血症的有效药物，妊娠率很高，一旦确诊妊娠后应停药。希罕氏综合征是指由于产后大出血引起的垂体功能低下导致的排卵障碍，同时伴有甲状腺和肾上腺功能低下。治疗这类排卵障碍的有效方法是应用促性腺激素诱导排卵。
下丘脑功能障碍导致不排卵是由于下丘脑的输入信号不正常而导致促性腺激素释放激素减少。包括紧张、精神性厌食、单纯体重下降性闭经和运动量过大导致闭经等。这一类排卵障碍的治疗涉及精神治疗和生活方式的调整，使其恢复下丘脑-垂体-卵巢的功能。因其低性腺激素的特点，所以对要求生育者应用促性腺激素治疗来诱发排卵是可能的。
