益生菌是大自然赋予人类的宝贵财富，它广泛存在于自然界，如人体、食品、大自然中等。人类利用益生菌已有相当长的历史，早期人们将发酵作为食品贮藏的一种手段，如泡菜、腐乳、酸奶、干酪等的初始产品均是自然发酵的，其真正意义上商业化产品仅有一个多世纪的历史，它们是人们在自然产品的基础上应用现代科学主要是微生物学而生产的产品。
13世纪前，蒙古人受伤流血，以至于休克时，便饮酸马奶急救。有一次混战中，成吉思汗颈部被伤，在受伤失血的紧要关头，大将者勒蔑不顾生命危险，冲破敌阵找酸马奶给成吉思汗补充能量。成吉思汗大军所向披靡，一直进攻到欧洲，因为他们有一种鲜为人知的秘密武器——酸奶酒，帮助他们恢复元气，补充营养。据史料记载，当时的蒙古大军随军都带着发酵的牛奶或马奶、晒干的奶饼等，作为士兵的日常饮食。有无数有趣的传说描述了蒙古人是怎么学会制作这些奶制品的，其中有个传说是这样的：据说当时，天宫神仙宴请成吉思汗，席间，端来一种饮品让他品尝，成吉思汗觉得异常可口，就起了把它带回自己家乡、让自己的臣民共同享用的念头。但又没有办法带走，于是他就把这种东西粘一点在自己胡须上，悄悄地带回了自己的家乡。所以民间对做酸奶的曲种都十分的珍惜。民谚有“宁可丧命不能断种”的说法。可见酸奶在蒙古人生活中的重要地位，而其中的曲种，就是乳酸菌。
20世纪初，诺贝尔医学和生理学奖获得者俄国科学家梅契尼科夫就对35个国家的长寿人口比例进行了一项调查，结果发现保加利亚的长寿人口比例最高。通过与周边国家饮食结构比较，发现保加利亚人长寿的秘诀与他们大量饮用含有乳酸菌的酸奶有关，他们人均每天喝1千克酸奶。1908年，梅契尼科夫将他的发现写在《长寿》一书中，指出胃肠道菌群与健康密切相关，促使人衰老的原因之一就是肠内腐败菌的作用。人们都应该经常食用益生菌，使其在肠内定植，抑制腐败菌（即有害菌）的生长，从而达到延年益寿的作用。还有我国学者张箎教授在世界第五长寿区——中国广西巴马地区的研究发现，百岁以上老人体内的双歧杆菌比普通老人要多得多。可见，益生菌对延长寿命的作用不言而喻。
益生菌（probiotics）这个词源自希腊语，其中“pro-”表示“有益于”，“biotics”表示“生命”，所以在字面上该词可解释为“有益于生命”。
直到1987年，“当代益生菌之父”——英国学者罗伊.福勒博士（Dr. Roy Fuller）才对益生菌给出较完整的定义：益生菌是一种活的微生物喂养补充剂（制剂），通过改进服用者的肠道微生物菌群平衡从而对服用者产生有益的效果。
2001年，世界卫生组织对益生菌做了详细的界定：当以充足的量被服用时，对服用者的健康带来好处的活性微生物。益生菌包括细菌和酵母。
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