慢性腹泻的病期在2个月以上，病因比急性的复杂。
1. 肠道感染性疾病 ①慢性阿米巴痢疾；②慢性细菌性疾病；③肠结核；④梨形鞭毛虫病、血吸虫病；⑤肠道念珠菌病。
2.肠道非感染性炎症 ①炎症性肠病（克隆病和溃疡性结肠炎）；②放射性肠炎；③缺血性结肠炎；④憩室炎；⑤尿毒症性肠炎。
3.肿瘤 ①大肠癌；②结肠腺瘤病（息肉）；③小肠恶性淋巴瘤；④胺前体摄取脱羧细胞瘤（APU-Doma）；胃泌素瘤、类癌、肠血管活性肠肽瘤（VIPoma）等。
4.小肠吸收不良
(1)原发性小肠吸收不良。
(2)继发性小肠吸收不良。
1)消化不良：①胰消化酶缺乏，如慢性胰腺炎、胰腺癌、胰瘘等；②双糖酶缺乏，如乳糖不耐受症等；③胆汁排出受阻和结合胆盐不足，如肝外胆道梗阻，肝内胆汁瘀积，小肠细菌过长（盲袢综合征）等。
2)小肠吸收面减少：①小肠切除过多（短肠综合征）；②近段小肠-结肠吻合或瘘道等。
3)小肠浸润性疾病：Whipple病、α-重链病、系统性硬化症等。
5.运动性腹泻 肠蠕动紊乱（多数为加速）引起，如肠易激综合征、胃大部切除术后，迷走神经切断后、部分性肠梗阻、甲状腺功能亢进、肾上腺皮质功能减退等。
6.药源性腹泻 ①泻药如酚酞、番泻叶等；②抗生素如林可霉素、氯林可霉素、新霉素等；③降压药如利血平、胍乙啶等；④肝性脑病用药如乳果糖、乳山梨醇等。
预防肠道传染病的重点是防止“病从口入”。只要大家日常生活中注意下列问题就会减少腹泻病的发病机会。
１．注意饮用水卫生。饮用水煮沸后用，可杀灭致病微生物。
２．讲究食品卫生。食物要生熟分开，避免交叉污染。吃剩的食物应及时储存在冰箱内，且储存时间不宜过长。食用前要加热，以热透为准。尽量少食用易带致病菌的食物，如螺丝、贝壳、螃蟹等水海产品，食用时要煮熟蒸透。生吃、半生吃、酒泡、醋泡或盐淹后直接食用的方法都不可取。凉拌菜不妨加点醋和蒜。
３．注意手的卫生。饭前、便后手要洗净。
４．清洁环境，灭蝇、灭蟑。
５．尽量减少与腹泻病人的接触，特别是不要共用餐饮用具吃、喝。
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